Pada mulanya terdapat isu dan kontroversi perbelanjaan RM5 juta untuk mengubahsuai kediaman rasmi Menteri Besar di Bukit Megawati, Shah Alam untuk Abu Hassan dibawa oleh sesetengah pihak.[9][10]

Pada tahun 2000, terdapat surat racun dan khabar angin mula tersebar dan bahkan dilaporkan di Jawa Pos Indonesia mengenai skandal seks yang didakwa dan hubungan yang tidak disembunyikan antara Abu Hassan dengan adik perempuan isterinya. Abu Hassan telah menafikan salah laku yang menuntut adik iparnya telah berkahwin dengan sahabat baiknya, seorang mualaf baru Muslim Cina yang secara kebetulan berkongsi nama Islamnya; Abu Hassan Tan Abdullah yang mana sebabnya nama anak mereka ialah Mohamad Hafiz bin Abu Hassan yang menyebabkan semua kekeliruan.[9][10] Pembangkang telah melaporkan kes itu kepada Jabatan Agama Islam Selangor (JAIS) yang menuntut siasatan mengenai hubungan mereka dan jika mereka mempunyai anak lelaki yang tidak sah di bawah undang-undang agama.[11]

Pada 10 Ogos 2000, Abu Hassan secara tiba-tiba mengumumkan peletakan jawatannya sebagai Menteri Besar Selangor memetik sebab-sebab kesihatan dan keluarga tetapi beliau telah menjelaskan banyak lagi kontroversi dan krisis lain yang mengganggu beliau.[9][10][12]